Slovenská správa ciest vznikla zlúčením viacerých organizácií a inštitúcií pôsobiacich v oblasti investičnej výstavby a správy ciest. V roku 1995 vznikla Slovenská správa ciest z bývalého Riaditeľstva diaľnic, ku ktorej boli v roku 1996 pričlenené bývalé Okresné správy ciest, Cestné investorské útvary a Ústav cestného hospodárstva a dopravy.
Tieto fúzie sa odrazili aj na dlhé roky vo vnútornej štruktúre SSC a spôsobe jej fungovania. Agenda výstavby a správy diaľnic bola oddelená od výstavby a správy ciest. Z Riaditeľstva diaľnic vznikli odbor prípravy a výstavby diaľnic a odbor správy a prevádzky diaľnic, pod ktorý spadalo vtedajších šesť stredísk správy a údržby diaľnic (SSÚD). Bývalé krajské cestné investorské útvary sa transformovali na investorské útvary pod metodickým riadením odboru investícií ciest a bývalých 36 okresných správ ciest prešlo pod metodické riadenie nového odboru správy a prevádzky ciest. Pracovníci bývalého Ústavu cestného hospodárstva a dopravy sa začlenili do SSC ako úsek dopravného plánovania a rozvoja a útvar cestnej databanky.
V roku 2014 boli cesty II. a III. triedy delimitované na samosprávne kraje, vrátane majetku stredísk správy a údržby ciest. O rok neskôr vznikla Národná diaľničná spoločnosť, na ktorú štát previedol diaľnice a rýchlostné cesty a z SSC majetok stredísk správy a údržby diaľnic a rýchlostných ciest.
