National Center for Biotechnology Information

	National Center for Biotechnology Information
Základné informácie
Krátky názov	NCBI
Vznik	4. november 1988
Ústredie	Bethesda, Maryland, Spojené štáty americké
Súradnice	38°59′45″S 77°05′56″Z / 38,995833°S 77,098889°Z
Ďalšie informácie
	Stephen Sherry (od 26. septembra 2022)
Rodičovská organizácia	United States National Library of Medicine
Vzťah	National Institutes of Health
Webstránka	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
	Medicínsky portál; Informatický portál; Biologický portál

Súradnice: 38°59′45″ s. š., 77°5′56″ z. d.

National Center for Biotechnology Information (NCBI) alebo Národné centrum pre biotechnologické informácie je súčasťou Národnej lekárskej knižnice USA v areáli americkej agentúry National Institutes of Health (NIH, Národné zdravotné inštitúty). Centrum bolo založené v roku 1988 a sídli v areáli NIH v Bethesde v Marylande. Riaditeľom NCBI bol v minulosti David Lipman, známy svojou účasťou na výskume technológie Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), používanej na sekvenáciu DNA. V súčasnosti inštitúciu vedie Stephen Sherry, v minulosti riadiaci vývoj genetických databáz NCBI.^[1]

Úlohou NCBI je ukladanie, spracovanie a anotácia vedeckých dát, najmä z oblastí molekulárnej biológie, medicíny, biochémie a genetiky. Inštitúcia sa tiež aktívne podieľa na vyvíjaní nástrojov na analýzu bioinformatických údajov. V databázach NCBI sa sústreďujú výsledky sekvenácií DNA (GenBank), vedecké články (PubMed Central, PubMed), informácie o génoch (RefSeq, Gene), anotácia sekvencií makromolekúl (Protein, Nucleotide) alebo mapovacie dáta už osekvenovaných genómov (Genome). Služby NCBI sú voľne dostupné, podobne ako u bioinformatických inštitútov ako European Bioinformatics Institute (EBI), Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) alebo DNA Data Bank of Japan (DDBJ).

Na tvorbu svojich databáz využíva NCBI dáta ukladané vedeckou komunitou manuálne priamo do NCBI alebo získavané ich výmenou so spriaznenými inštitúciami ako napr. DDBJ, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Protein Information Resource (PIR) alebo vydavateľmi vedeckej literatúry. Minoritný podiel na zisku dát tvoria aj cielené správcovské aktivity NCBI, dáta aktívne vkladané zamestnancami centra. Množstvo uložených dát v NCBI rastie exponenciálne - v roku 2020 bolo vo všetkých databázach NCBI celkovo uložených cez 3 miliardy záznamov,^[2] v porovnaní s približne 680 miliónmi záznamov v roku 2012^[3] a 90 miliónmi záznamov v roku 2007.^[4] Služby NCBI sú denne využívané až 4 miliónmi používateľov.^[5]

Prehľadávanie NCBI je sprostredkované systémom Entrez, ktorého výstupom je komplexný záznam získaný z viacerých prepojených databáz. NCBI taktiež umožňuje prehľadávanie svojich databáz za účelom nájdenia podobných sekvencií pomocou algoritmu Basic Local Aligment Search Tool (BLAST). Na stiahnutie všetkých relevantných dát priradených k danému databázovému záznamu slúži The Entrez Programming Utilities (E-utilities).

Referencie

↑ Stephen Sherry, PhD, Selected as Acting Director, National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine. www.nlm.nih.gov. Dostupné online [cit. 2021-05-07].
↑ SAYERS, Eric W; BECK, Jeffrey; BOLTON, Evan E. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research, 2020-10-23, roč. 49, čís. D1, s. D10–D17. Dostupné online [cit. 2021-05-03]. ISSN 0305-1048. DOI: 10.1093/nar/gkaa892.
↑ Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research, 2013-1, roč. 41, čís. Database issue, s. D8–D20. PMID: 23193264 PMCID: PMC3531099. Dostupné online [cit. 2021-05-03]. ISSN 0305-1048. DOI: 10.1093/nar/gks1189.
↑ WHEELER, David L.; BARRETT, Tanya; BENSON, Dennis A.. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research, 2007-1, roč. 35, čís. Database issue, s. D5–D12. PMID: 17170002 PMCID: PMC1781113. Dostupné online [cit. 2021-05-03]. ISSN 0305-1048. DOI: 10.1093/nar/gkl1031.
↑ NCBI Web Server Stats. www.ncbi.nlm.nih.gov. Dostupné online [cit. 2021-05-07].

Iné projekty

Commons ponúka multimediálne súbory na tému National Center for Biotechnology Information
Commons

Externé odkazy

Zdroj

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku National Center for Biotechnology Information na českej Wikipédii.

[1] Stephen Sherry, PhD, Selected as Acting Director, National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine. www.nlm.nih.gov. Dostupné online [cit. 2021-05-07].

[2] SAYERS, Eric W; BECK, Jeffrey; BOLTON, Evan E. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research, 2020-10-23, roč. 49, čís. D1, s. D10–D17. Dostupné online [cit. 2021-05-03]. ISSN 0305-1048. DOI: 10.1093/nar/gkaa892.

[3] Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research, 2013-1, roč. 41, čís. Database issue, s. D8–D20. PMID: 23193264 PMCID: PMC3531099. Dostupné online [cit. 2021-05-03]. ISSN 0305-1048. DOI: 10.1093/nar/gks1189.

[4] WHEELER, David L.; BARRETT, Tanya; BENSON, Dennis A.. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research, 2007-1, roč. 35, čís. Database issue, s. D5–D12. PMID: 17170002 PMCID: PMC1781113. Dostupné online [cit. 2021-05-03]. ISSN 0305-1048. DOI: 10.1093/nar/gkl1031.

[5] NCBI Web Server Stats. www.ncbi.nlm.nih.gov. Dostupné online [cit. 2021-05-07].

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]