Čítací rámec

Ako čítací rámec sa v molekulárnej biológii označuje spôsob, ktorým sa dá rozdeliť sekvencia nukleotidov v nukleovej kyseline (DNA alebo RNA) na sadu po sebe idúcich trojíc (tripletov), ktoré sa neprekrývajú. Keď tieto trojice odpovedajú aminokyselinám podľa genetického kódu alebo signálu na zastavenie translácie, označujú sa ako kodóny.

Príklad možných čítacích rámcov:
AGG·TGA·CAC·CGC·AAG·CCT·TAT·ATT·AGC A·GGT·GAC·ACC·GCA·AGC·CTT·ATA·TTA·GC AG·GTG·ACA·CCG·CAA·GCC·TTA·TAT·TAG·C

Jedno vlákno molekuly nukleovej kyseliny má fosforylový koniec, takisto nazývaný 5'-koniec, a hydroxylový koniec, teda 3'-koniec. Tieto konce udávajú smer 5' → 3'. Existujú tri čítacie rámce, ktoré je možné čítať v smere od 5' konca k 3' koncu, pričom každý z nich začína na inom nukleotide v rámci danej trojice. V dvojvláknovej nukleovej kyseline existjú ďalšie tri čítacie rámce, ktoré je možné použiť, a to v komplementárnom vlákne v smere 5′ → 3′. Keďže vlákna dvojzávitnice molekuly nukleovej kyseliny sú antiparalelné, smer čítania od 5′ konca k 3′ koncu jedného vlákna je opačný, ako smer čítania od 5′ konca k 3′ koncu druhého vlákna.[1][2]

Príklad šesťrámcovej translácie

Všeobecne je len jeden čítací rámec danej časti neukleovej kyseliny biologicky významný. Tento čítací rámec sa označuje ako otvorený čítací rámec. Niektoré vírusové transkripty používajú viacero prekrývajúcich sa čítacích rámcov. Existuje jeden známy príklad prekrývajúcich sa čítacích rámcov v cicavčej mitochondriálnej DNA: časti génov, ktoré kódujú dve podjednotky ATPázy, sa prekrývajú.

ReferencieUpraviť

  1. Quantitative sequence and open reading frame analysis based on codon bias. Systemics, Cybernetics and Informatics, s. 65–72. Dostupné online.
  2. CRITICA: Coding Region Identification Tool Invoking Comparative Analysis. Mol Biol Evol, April 1999, s. 512–24. DOI10.1093/oxfordjournals.molbev.a026133. PMID 10331277.

ZdrojUpraviť

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Reading frame na anglickej Wikipédii.