Jmol

(Presmerované z JSmol)

Jmol je počítačový softvér na molekulové modelovanie chemických štruktúr v 3 dimenziách.[2] Jmol vykresľuje 3D reprezentáciu molekuly, ktorú možno použiť vo výuke[3] alebo vo výskume, napríklad chemickom alebo biochemickom. Jmol je napísaný v jazyku Java, takže funguje na operačných systémoch Windows, macOS, Linux a Unix, ak je Java nainštalovaná.[3] Je to free and open source softvér vydaný pod lincenciou GNU Lesser General Public License verziou 2.0.[3] Existujú i samostatná aplikácia a software development kit,[3] ktoré možno integrovať do iných aplikácií využívajúcich Javu, napríklad Bioclipse alebo Taverna.[chýba zdroj]

Jmol

Logo

Trojdimenzionálna štruktúra strepavidínu zobrazená pomocou Jmolu
Základné informácie
Vývojártím vývojárov Jmolu
Posledná stabilná verzia14.31.34, 7. marec 2021
Vyvinutý vJava
JavaScript (JSmol)
Operačný systémMultiplatformový softvér
Lokalizáciaangličtina, čeština, čínstina, dánčina, francúzština, holandčina, indonézština, katalánčina, kórejčina, maďarčina, nemčina, portugalčina, španielčina, taliančina, turečtina, ukrajinčina[1]
Typ softvérumolekulové modelovanie
LicenciaLGPL 2.0
Ďalšie odkazy
Webová stránkawww.jmol.org

Pozri aj Informačný portál

Populárnym spôsobom použitia Jmolu je využitie appletu, ktorý možno vložiť na webové stránky a zobraziť molekuly rôznymi spôsobmi.[4] Jmol podporuje mnoho formátov chemických súborov vrátane Protein Data Bank (.pdb), Crystallographic Information File (.cif), MDL molfile (.mol) a Chemical Markup Language (.cml).[3] Takisto existuje i verzia postavená na JavaScripte (HTML5), JSmol, ktorú možno použiť na počítačoch bez Javy.[5]

Applet Jmolu okrem iného podporuje i použitie ako alternatívu k Chime plug-inu,[3] ktorý už nie je aktívne vyvíjaný. I keď Jmol má mnoho funkcií, ktoré Chime nemá, netvrdí, že by sa snažil reprodukovať všetky funkcie Chimeu a chýba hlavne mód Sculpt (mód na úpravu molekúl, napr. konformácií).[chýba zdroj] Chime vyžadoval inštaláciu v podobe plug-inu a Internet Explorer 6.0 či Firefox 2.0 na Windowse alebo Netscape Communicator 4.8 na Mac OS 9.[chýba zdroj] Jmol vyžaduje inštaláciu Javy a funguje na mnohých platformách.[3] Je funkčný napríklad v Mozille Firefox, Internet Exploreri, Opere, Google Chrome i Safari.[3]

Galéria

upraviť

Referencie

upraviť
  1. Translations : Jmol [online]. Launchpad, 2010-09-14, [cit. 2023-07-28]. Dostupné online. (po anglicky)
  2. CHEN, Jim X.; CHEN, Chunyang. Guide to graphics software tools. London : Springer, 2008. (2. ed.) ISBN 978-1-84800-900-4.
  3. a b c d e f g h HERRÁEZ, Angel. Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. Biochemistry and Molecular Biology Education, 2006-07, roč. 34, čís. 4, s. 255–261. Dostupné online [cit. 2023-07-28]. DOI10.1002/bmb.2006.494034042644. (po anglicky)
  4. HERRÁEZ, Angel; HERRÁEZ, Angel. Learning to use Jmol: basic and intermediate levels. Morrisville, NC : Lulu.com, 2007. (1. ed.) ISBN 978-1-84799-259-8.
  5. JSmol [online]. [Cit. 2015-11-02]. Dostupné online. Archivované 2018-01-01 z originálu.

Externé odkazy

upraviť

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Jmol na anglickej Wikipédii.