Pribnowov box
Pribnowov box, označovaný i ako Pribnowov-Schallerov box, je sekvencia šiestich nukleotidov, TATAAT, ktorá je nutnou súčasťou promótoru na DNA a značí miesto začiatku transkripcie u baktérií.[1][2][3] Je to idealizovaná konsezuálna sekvencia, čo znamená, že toto sú najčastejšie bázy na daných pozíciách, ale jednotlivé promótory sa môžu líšiť na jednej či viacerých pozíciách. Pribnowov box sa niekedy označuje i ako -10 sekvencia, pretože jeho stred sa nachádza okolo 10 báz pred začiatkom transkripcie.
Úloha Pribnowovho boxu je podobná ako funkcia TATA boxu (zvaného i Hognessov box), ktorý sa nachádza v promótorových sekvenciách u eukaryotov a archeónov – jeho sekvencia je rozpoznávaná RNA polymerázou na začiatku transkripcie.[4] Tento úsek DNA je takisto prvým miestom, kde sa rozplietajú vlákna DNA počas prokaryotickej transkripcie, čím sa umožňuje prístup k templátovému vláknu DNA. Je dôležité, že je táto sekvencia zložená hlavne z adenínu a tymínu, pretože je jednoduchšie prerušiť väzbu medzi nimi než medzi cytozínom a guanínom (kvôli nižšiemu počtu vodíkových väzieb a i slabšiemu stohovaniu jednotlivých báz).[5]
Pribnowov box je pomenovaný po Davidovi Pribnowovi a Heinzovi Schallerovi.[chýba zdroj][1][3]
Sekvencia upraviť
Ako je uvedené vyššie, ide o konsenzuálnu sekvenciu, čo znamená, že ide o najpravdepodobnejšie sa vyskytujúce bázy na danej pozícii v sekvencii. Jednotlivé promótory sa však od tejto sekvencie môžu líšiť. Pravdepodobnosť výskytu jednotlivých nukleotidov v Pribnowovom boxe u E. coli je uvedená v nasledujúcej tabuľke:[6]
| T | A | T | A | A | T |
|---|---|---|---|---|---|
| 82% | 89% | 52% | 59% | 49% | 89% |
Referencie upraviť
- ↑ a b PRIBNOW, David. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter. PNAS, March 1975, s. 784–788. ISSN 1091-6490. DOI: 10.1073/pnas.72.3.784. PMID 1093168.
- ↑ Transkripcia [online]. Biopedia.sk, [cit. 2023-04-26]. Dostupné online.
- ↑ a b Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of Bacteriophage fd. PNAS, February 1975, s. 737–741. ISSN 1091-6490. DOI: 10.1073/pnas.72.2.737. PMID 1054851.
- ↑ Structural Basis for Promoter −10 Element Recognition by the Bacterial RNA Polymerase σ Subunit. Cell, 2011, s. 1257–69. DOI: 10.1016/j.cell.2011.10.041. PMID 22136875.
- ↑ Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix. Nucleic Acids Research, January 2006, s. 564–574. ISSN 0305-1048. DOI: 10.1093/nar/gkj454. PMID 16449200.
- ↑ Analysis of E. coli promoter sequences. Nucleic Acids Research, March 1987, s. 2343–2361. ISSN 0305-1048. DOI: 10.1093/nar/15.5.2343. PMID 3550697.
Pozri aj upraviť
Zdroj upraviť
Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Pribnow box na anglickej Wikipédii.
|
Tento článok týkajúci sa biológie je zatiaľ „výhonok“. Pomôž Wikipédii tým, že ho doplníš a rozšíriš. |